Al-Shabaab utgör fortsatt ett allvarligt säkerhetshot genom frekventa riktade attacker. Organisationen har territoriell kontroll i flera områden i södra och centrala Somalia och utövar även skatteuppbörd, rekrytering, rättvisa och andra former av maktutövning i områden där den har partiell kontroll eller stort inflytande. Politisk instabilitet, klankonflikter, väpnad milis, organiserad brottslighet och kidnappningar präglar också den svåra säkerhetssituationen i landet.
Improviserade sprängladdningar, självmordsbomber och bilbomber används bland annat i Mogadishu. Sådana attacker sker ofta i tätbefolkade/trafikerade områden och drabbar civila och andra som befinner sig på fel plats vid fel tidpunkt. I Mogadishu och andra större städer i Somalia är säkerhetspersonal, offentliga byggnader, restauranger och hotell särskilt attraktiva mål för attentat och komplexa attacker. Det har förekommit flera bombattacker mot och (2022) en terroristattack inne i "AAIA", området för Aden Adde International Airport (AAIA), den internationella flygplatsen i Mogadishu. Här finns FN, ATMIS (tidigare Amisom) och flera ambassader.
Både Al-Shabaab och den somaliska IS-fraktionen är baserade i bergsområdet Galgala och öster om Bossaso i Puntland.
Piratverksamhet: Piratverksamhet i Adenbukten och Indiska oceanen har tagit fart 2024, trots sjöskydd och industrins eget skydd av fartyg. De kriminella nätverken tros fortfarande vara intakta och verkar bland annat inom människohandel och illegal import av vapen, ammunition och råvaror till sprängämnen.