Trafiken är en stor osäkerhetsfaktor i Sydsudan med dåliga vägar, vårdslöshet i trafiken och dåligt underhållna fordon. Vägnätet är begränsat och många vägar är osäkra, särskilt efter mörkrets inbrott. Vägarna är generellt i mycket dåligt skick och ofta ofarbara under regnperioden (april–november). Resor med offentliga transportmedel som minibussar och motorcykeltaxi avråds på grund av säkerhetsrisken.
Resor på landsbygden bör undvikas på grund av säkerhetsläget. Olagliga vägspärrar är vanliga och beväpnade män kan kräva betalning eller utöva våld.
Flygningar till och från Sydsudan kan ställas in med kort varsel. Juba International Airport är den huvudsakliga in- och utgångspunkten, men tillgången kan begränsas på grund av säkerhetshändelser eller dåligt väder.
